Se construyó en el siglo XVI. Al inicio se hallaba en el exterior pero posteriormente se adelantó la fachada de la Iglesia para albergarla. En su cripta reposaron los restos de Cristóbal Colón entre 1509 y 1536, por lo que también es conocida como la Capilla de Colón. Un siglo más tarde, la presidió el Cristo de la Clemencia, obra maestra de Martínez Montañés, actualmente en la Catedral de Sevilla. Afortunadamente, aún se conservan en su lugar original dos piezas de importancia histórica para la azulejería a nivel mundial: los paneles de San Juan Evangelista y San Matías realizados en 1523 por Juan Bautista Pisano. Algunas piezas de este interesante apostolado, como el San Mateo del Gemeentemuseum de La Haya, se conservan en otros museos o colecciones privadas.
