¿Cuánto ha habido de verdad y cuánto de fraude en El Palmar de Troya? Existen múltiples teorías que desmontan todo el entramado que se orquestó después de las presuntas revelaciones, las cuales son difícilmente contrastables. Algunas sostienen que las niñas, inocentemente, pusieron como excusa la aparición del a Virgen para justificar su tardanza aquel día ante los padres, mientras que otras van más allá y postulan que fueron sobornadas para iniciar el movimiento y agitar a la población de la pedanía, en su mayoría analfabeta. En cualquier caso, lo que está fuera de toda duda es que al poco tiempo las cuatro familias se marcharon de El Palmar, ya nunca más se supo de ellas y fueron reemplazadas por un nutrido grupo de visionarios.
Clemente Domínguez y Manuel Alonso fueron casi los últimos en llegar, pero rápidamente se hicieron notar. Se da por hecho que eran pareja sentimental y al primero de ellos le apodaban ‘la Voltio’ en los círculos homosexuales de Sevilla. Antes de ser autoproclamado 
Papa, Clemente perdió la visión en ambos ojos tras un accidente de tráfico en Bilbao. Aun así, siguió liderando la congregación hasta el 22 de marzo de 2005, día en el que falleció a la edad de 59 años. Como no podía ser de otra forma, su sucesor fue su inseparable Manuel Alonso, aunque cabe reseñar que este nombramiento provocó una fractura entre los adeptos. Bajo el nombre de Pedro II, llevó la voz cantante hasta que murió en julio de 2011 y fue relevado por el actual regente Sergio María (Gregorio XVIII).
Papa, Clemente perdió la visión en ambos ojos tras un accidente de tráfico en Bilbao. Aun así, siguió liderando la congregación hasta el 22 de marzo de 2005, día en el que falleció a la edad de 59 años. Como no podía ser de otra forma, su sucesor fue su inseparable Manuel Alonso, aunque cabe reseñar que este nombramiento provocó una fractura entre los adeptos. Bajo el nombre de Pedro II, llevó la voz cantante hasta que murió en julio de 2011 y fue relevado por el actual regente Sergio María (Gregorio XVIII).En su momento de máximo apogeo, la Iglesia Palmariana contaba con un centenar de sacerdotes, unas 80 monjas, más de 2.000 devotos y varias delegaciones tanto por el territorio europeo como por el de Sudamérica. Ahora todas esas cifras han disminuido considerablemente, ya que se han producido escisiones importantes. Por desavenencias, algunos de sus religiosos formaron una nueva orden en Archidona y otros se integraron en la Iglesia Católica Apostólica Remanente. Un tercer grupo, el denominado ‘La Cruz Blanca’, comparte las creencias originales, pero se desmarcó de la parafernalia desde el primer momento y lleva a cabo sus ritos de forma discreta.
Lejos de ir abriéndose a la sociedad, la Iglesia Palmariana es cada vez más hermética, hasta el punto de que todos sus miembros tienen terminantemente prohibido relacionarse con el resto de la población salvo en cuestiones profesionales (negocios) o de imperiosa necesidad (salud), de ahí que se le considere también como una secta. ¿Qué futuro tiene esta comunidad? Según un experto en la materia como Manuel Molina, está condenada a desaparecer a corto o medio plazo. Y es que sus fuentes de ingresos decrecieron sustancialmente tras ser registrada en 1988 como asociación religiosa (mayor control de Hacienda) y por la posterior fuga de los adinerados que habían deducido impuestos. Así las cosas, se vio obligada a vender los inmuebles que poseía en el centro de la capital hispalense, los cuales sumaban una extensión de 3.000 metros cuadrados. Ahora subsiste gracias a las donaciones que realizan las personas mayores a las que cuida en su extensa finca de la Alcaparrosa.