Poco después de la conquista de Sevilla por el rey Fernando III en 1248 se funda una congregación de navegantes. Las primeras reuniones se celebraban en las calles de La Rabeta y Arenal, detrás de la actual Plaza de la Magdalena razón por la cual la primera capilla la tuvieron en la collación de la Magdalena que más tarde pasaría a una capellanía de Santa Ana con lo cual comienza su vinculación con el barrio de Triana. Posteriormente esta congregación pasó a constituir una agrupación de mareantes, personas relacionadas con las naos (naves), maestros, pilotos y demás que hacían la carrera de Indias y realizaban sus actividades en la orilla del río.
Al lado de la iglesia de Santa Ana se construyó este edificio que cumplirá diferentes funciones: servirá de hospital ya que atendía a los marineros enfermos; de asilo por cuanto cuidaba de ancianos navegantes; educativo, ya que su actividad más regular y permanente fue preparar a aquellos jóvenes que querían formarse en el conocimiento de las artes de navegación. Actividades todas que eran desarrolladas por esta cofradía.
